임광현 국세청장은 2026년 4월 2일 한국경제인협회 초청 간담회에 참석하여 기업 현장의 애로사항과 건의사항을 청취하였으며, 기업 부담 완화를 위한 세무조사 운영 혁신방안을 발표하였습니다. 이에 본 RSM Korea Newsletter에서는 관련 국세청 보도자료의 주요 내용을 요약하고, 실무상 시사점에 대한 RSM Korea의 견해를 함께 정리하였습니다. 본 자료는 공개된 자료를 기초로 작성된 일반적인 정보 제공 목적의 요약자료로서, 개별 사안에 대한 법률·세무·회계 자문으로 해석되거나 사용되어서는 안 됩니다. 구체적인 사실관계에 따라 적용 결과가 달라질 수 있으므로, 실제 의사결정 시에는 별도의 전문가 검토가 필요합니다. 

■ 혁신방안 개요

국세청은 개청 60주년인 2026년을 세무조사 대전환의 원년으로 선포하고, 납세자의 예측가능성 제고와 기업부담 완화를 위해 아래 두 가지 핵심 개혁조치를 시행합니다.

■ 제도 개요

기존에는 국세청이 정기 세무조사 시기를 일방적으로 결정하였으나, 이제부터는 정기 세무조사 대상으로 선정된 납세자가 3개월 범위 내에서 월 단위(1·2순위)로 직접 조사 착수 시기를 선택할 수 있습니다.

■ 시기선택제 단계별 절차

■ 핵심 변경사항 요약

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1.  안내문을 받은 즉시 세무·경영 일정을 검토하여 조사 희망 시기(1·2순위)를 결정하시기 바랍니다.

2.  결산·주주총회·이사회 등 중요 경영 일정을 피해 조사 시기를 선택할 수 있습니다.

3. 사전통지 이후에는 관련 자료 준비에 집중하고, 중점검증항목(다음 페이지 참조)을 기준으로 자체 점검을 실시하십시오.

4.  본 선택제는 천재지변 등 불가피한 경우가 아닌 한 모든 정기 세무조사에 적용됩니다.

■ 제도 개요

국세청은 세무조사 과정에서 반복적으로 과세되는 10개 유형을 '중점검증항목'으로 선정하여 공개하였습니다. 기업은 법인세·소득세 신고 시 스스로 점검하고, 세무조사 시에도 관련 자료를 미리 준비함으로써 세무 리스크를 크게 줄일 수 있습니다.

■ 중점검증항목 10개 전체

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중점검증항목은 단순 오류보다도 증빙 부족, 거래 실질과 형식의 괴리, 회계와 세무 판단의 차이에서 주로 발생합니다. 이에 따라 내부통제가 비교적 잘 구축된 기업이라 하더라도 일부 항목에서는 세무 리스크가 반복적으로 노출될 수 있습니다.

특히 내부통제가 잘 구축된 회사라 하더라도, 실무상 다음 항목에 대한 사전 점검이 중요합니다.

• 연구·인력개발비 세액공제: 연구전담 인력의 구분관리 및 입증자료 미흡에 따른 공제 부인 위험

• 자산화 대상 비용의 당기 비용처리: 회계처리와 세무처리 기준의 불일치에 따른 손금 귀속시기 위험

• 사실과 다른 세금계산서 수수: 계약 구조와 실제 거래관계 불일치에 따른 부가가치세 위험

본 자료는 2026년 4월 2일자 국세청 보도자료를 기반으로 신한회계법인 (RSM Korea)에서 법인의 세무담당자의 이해를 돕기 위해 요약·편집한 것입니다. 개별 사안의 적용은 담당 세무전문가와 상담하시기 바랍니다.