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임광현 국세청장은 2026년 4월 2일 한국경제인협회 초청 간담회에 참석하여 기업 현장의 애로사항과 건의사항을 청취하였으며, 기업 부담 완화를 위한 세무조사 운영 혁신방안을 발표하였습니다. 이에 본 RSM Korea Newsletter에서는 관련 국세청 보도자료의 주요 내용을 요약하고, 실무상 시사점에 대한 RSM Korea의 견해를 함께 정리하였습니다. 본 자료는 공개된 자료를 기초로 작성된 일반적인 정보 제공 목적의 요약자료로서, 개별 사안에 대한 법률·세무·회계 자문으로 해석되거나 사용되어서는 안 됩니다. 구체적인 사실관계에 따라 적용 결과가 달라질 수 있으므로, 실제 의사결정 시에는 별도의 전문가 검토가 필요합니다.
■ 혁신방안 개요
국세청은 개청 60주년인 2026년을 세무조사 대전환의 원년으로 선포하고, 납세자의 예측가능성 제고와 기업부담 완화를 위해 아래 두 가지 핵심 개혁조치를 시행합니다.
구 분 | 혁신조치 ① | 혁신조치 ② |
명 칭 | 정기 세무조사 시기선택제 전면 시행 | 중점검증항목 10개 사전공개 |
시행일 | 2026년 4월~ | 즉시 (국세청 홈페이지 공개) |
목 적 | 납세자의 조사시기 결정권 부여, 경영상 중요한 시기 회피 가능 | 세무조사 주요 검증항목 사전 안내로 자기점검 및 준비 지원 |
■ 제도 개요
기존에는 국세청이 정기 세무조사 시기를 일방적으로 결정하였으나, 이제부터는 정기 세무조사 대상으로 선정된 납세자가 3개월 범위 내에서 월 단위(1·2순위)로 직접 조사 착수 시기를 선택할 수 있습니다.
■ 시기선택제 단계별 절차
단 계 | 내 용 | 상 세 |
STEP 1 | 시기선택제 안내문 발송 | 국세청이 정기 세무조사 대상자에게 시기선택제 안내문을 발송합니다. (예: 4월 2일) |
STEP 2 | 납세자 희망시기 선택 | 납세자는 안내문 수령 후 3개월 범위 내에서 월 단위(1순위·2순위)로 조사 희망 시기를 국세청에 통보합니다. (예: 1순위 6월, 2순위 7월) |
STEP 3 | 선택결과 안내 | 국세청이 납세자의 희망을 반영하여 최종 조사 착수 월을 확정하고 결과를 통보합니다. (예: 6월 결정) |
STEP 4 | 정식 사전통지 | 실제 조사 착수 20일 전에 기존과 동일하게 정식 사전통지서를 발송합니다. (예: 5월 20일) |
STEP 5 | 조사 착수 | 확정된 일정에 따라 세무조사가 시작됩니다. (예: 6월 10일) |
■ 핵심 변경사항 요약
구 분 | 기 존 | 변경 후 (2026년 4월~) |
조사 시기 결정권 | 국세청이 일방 결정 | 납세자가 3개월 내 월 단위 선택 (1·2순위) |
사전통지 | 조사 착수 15일 전 정식 통지 | 조사 착수 20일 전 정식 사전통지 |
기업 대응 | 조사시기 예측 불가, 돌발 대응 필요 | 중요 경영 일정 회피 가능, 사전 준비 충분 |
적용 대상 | 전체 정기 세무조사 대상자 | 전체 정기 세무조사 대상자 (전면 시행) |
RSM Korea View
1. 안내문을 받은 즉시 세무·경영 일정을 검토하여 조사 희망 시기(1·2순위)를 결정하시기 바랍니다.
2. 결산·주주총회·이사회 등 중요 경영 일정을 피해 조사 시기를 선택할 수 있습니다.
3. 사전통지 이후에는 관련 자료 준비에 집중하고, 중점검증항목(다음 페이지 참조)을 기준으로 자체 점검을 실시하십시오.
4. 본 선택제는 천재지변 등 불가피한 경우가 아닌 한 모든 정기 세무조사에 적용됩니다.
혁신조치 ② | 중점검증항목 10개 사전공개 |
■ 제도 개요
국세청은 세무조사 과정에서 반복적으로 과세되는 10개 유형을 '중점검증항목'으로 선정하여 공개하였습니다. 기업은 법인세·소득세 신고 시 스스로 점검하고, 세무조사 시에도 관련 자료를 미리 준비함으로써 세무 리스크를 크게 줄일 수 있습니다.
■ 중점검증항목 10개 전체
세목 | No. | 중점검증항목 | 유의사항 (준비서류 핵심) |
법인세(소득세) | 01 | 법인(사업용) 신용카드 사적 사용 | 업무관련성 입증 자료 철저 보관 (기안문, 이메일, 출장 보고서 등) |
02 | 개인계좌를 통한 매출신고 누락 | 매출대금은 원칙적으로 법인 계좌로 수취 (거래계약서, 세금계산서 등) | |
03 | 정당한 사유없이 매출채권 임의포기 | 회수불능 객관적 입증자료 확보 (채무자 파산·폐업 증빙 등) | |
04 | 근로사실 없는 가공인건비 계상 | 실제 근무사실 입증자료 철저 관리 (근무계약서, 출퇴근 기록 등) | |
05 | 연구·인력개발비 부당 세액공제 | 연구 전념 입증자료 보관 (연구계획서, 연구노트, 성과물 등) | |
06 | 가지급금 등의 인정이자 계산 누락 | 대표자·임원 대여금에 인정이자 산입 (금전소비대차계약서, 이자 계산서 등) | |
07 | 자산화 요건 충족한 취득을 당기 비용처리 | 자산화 vs. 비용처리 구분 기준 점검 (공사 계약서, 공사성격 판단 자료 등) | |
부가가치세 | 08 | 사실과 다른 세금계산서 수수 | 실제 거래 입증자료 보관 (계약서, 대금지급 증빙, 발주서 등) |
09 | 부가가치세 과·면세 구분 오류 | 과·면세 매출 안분계산 자료 관리 (계약서, 법령·유권해석 자료 등) | |
10 | 개인적공급 등에 대한 부가가치세 누락 | 사업용 자산의 사적 사용 여부 점검 (자산·재고 사용내역 관리대장 등) |
RSM Korea View
중점검증항목은 단순 오류보다도 증빙 부족, 거래 실질과 형식의 괴리, 회계와 세무 판단의 차이에서 주로 발생합니다. 이에 따라 내부통제가 비교적 잘 구축된 기업이라 하더라도 일부 항목에서는 세무 리스크가 반복적으로 노출될 수 있습니다.
특히 내부통제가 잘 구축된 회사라 하더라도, 실무상 다음 항목에 대한 사전 점검이 중요합니다.
- 연구·인력개발비 세액공제: 연구전담 인력의 구분관리 및 입증자료 미흡에 따른 공제 부인 위험
- 자산화 대상 비용의 당기 비용처리: 회계처리와 세무처리 기준의 불일치에 따른 손금 귀속시기 위험
- 사실과 다른 세금계산서 수수: 계약 구조와 실제 거래관계 불일치에 따른 부가가치세 위험
이들 항목은 세무조사 이전 단계에서 증빙체계와 판단근거를 선제적으로 점검하는 것이 효과적입니다.
본 자료는 2026년 4월 2일자 국세청 보도자료를 기반으로 신한회계법인 (RSM Korea)에서 법인의 세무담당자의 이해를 돕기 위해 요약·편집한 것입니다. 개별 사안의 적용은 담당 세무전문가와 상담하시기 바랍니다.
| 발 행 | 신한회계법인 국제사업본부 김영식 부대표 | 민만기 상무 | 우선희 SM |
